Die in der Römerzeit während der Herrschaft Kaiser Trajans (98-117) gegründete Stadt erhielt den Namen Sopianae, die zur Regierungszeit Diocletians (284-305) Hauptstadt der Provinz Valeria in Unterpannonien war. Unter Kaiser Constantin (306-337) war die Stadt bereits Bischofssitz. Um 865 weihte der Salzburger Erzbischof Liupramm eine Kirche am Fuß des Mecsekgebirges. In den über dieses Ereignis berichtenden Überlieferungen wurde erstmals die Bezeichnung „ad quinque (martirum) basilicas” erwähnt, aus der später - so nimmt man an - die Bezeichnung „Quinque Ecclesiae” wurde, die im Sprachgebrauch der mittelalterlichen deutschen Bewohner der Stadt dem Namen Fünfkirchen und im ungarischen Sprachgebrauch dem Namen Pécs entspricht. König István (Stephan) gründete im Jahr 1008 erneut ein Bistum in der Stadt, das mit dem Beginn dieser Zeit zu einer Bastion der ungarischen christlichen Kultur des Mittelalters wurde. Der in der Árpáden-Epoche errichtete und in der folgenden Zeit mehrfach umgebaute Dom gilt heute als eine der schönsten Kirchen im neoromanischen Stil in ganz Europa. König Nagy Lajos (Ludwig der Große - 1342-1382) gründete 1367 in unserer Stadt die erste Universität. Für die Gründung einer Universität war eine große Einwohnerzahl notwendig. Diese Voraussetzung erfüllte Pécs, das im bevölkerungsreichsten Bezirk Ungarns, Baranya, lag. Unter den fast 700 Städten des Landes gehörte Pécs zu den neun, die über Münzstätten verfügte. Das Christentum war fest verwurzelt, die erste Kirche konnte auf eine mehr als tausendjährige Geschichte - wenn auch mit Unterbrechungen - zurückblicken, das ungarische Bistum kann eine über dreihundertjährige Geschichte vorweisen. Papst Urban V. verfügte über die Einrichtung einer Universität in der Stadt Pécs. Diese sollte „bis auf alle Ewigkeit” Fakultäten für kanonisches und römisches Recht und anderen Fachrichtungen mit Ausnahme einer theologischen Fakultät einrichten. Vom Vorhandensein einer medizinischen Fakultät wird ausgegangen.

Am 7. Juli 1912 stimmte der österreichische Kaiser und ungarische König der Errichtung der „Königlich Ungarischen Elisabeth (Erzsébet) Universität” in Pozsony zu. Im Herbst 1914 wurde der Lehrbetrieb mit der Fakultät für Rechtswissenschaften eröffnet. Für die Aufnahme der Ausbildung an der Medizinischen Fakultät musste erst ein Gebäude umgestaltet werden. Die medizinische Ausbildung begann im Studienjahr 1918/19. Zu Beginn des Herbstes 1919 ergab sich eine neue Herausforderung: „Die Budapester Verbannung”. Nach fast vierjähriger Vorbereitungszeit wurde ab Herbst 1923 an einem neuen Standort, in Pécs, unter komplizierten Bedingungen, der Lehrbetrieb wieder aufgenommen. Die Anzahl der Studenten an der Elisabeth (Erzsébet) Universität überschritt in dieser Zeit die Grenze von 1000 Personen. Ein Tiefpunkt in der Studentenzahl wurde im Studienjahr 1939/40 erreicht. Aus unserer Universität - mit zwei Fakultäten - wurde die Universität Pécs. Auf der Grundlage eines Beschlusses aus dem Jahr 1950 erfolgte die Teilung der Universität in zwei voneinander unabhängige Bereiche: in die Medizinische Universität und in die Universität für Rechtwissenschaften (1951).

Nach etwa zehnjähriger Arbeit wurde am 20. August 1966 der so genannte Komplex der 400-Betten-Klinik an die Universität übergeben, der Einrichtungen von fünf Fachrichtungen umfasste: Innere Medizin, Chirurgie, Augenheilkunde, Orthopädie und Radiologie. Die praktische Lehrtätigkeit an der Universität blieb auf sieben verschiedene Standorte in der Stadt verstreut. Der neue Baukomplex für die Lehrstühle - mit den daneben errichteten vier kleineren Gebäuden - wurde 1970 fertig gestellt. Dadurch ergab sich für die kommenden Jahre die Möglichkeit, die an fünf Stellen in der Stadt verstreuten Institute sowie den zentralen Verwaltungsapparat an einen Ort zu verlegen. Es wurden vier Vorlesungsräume und mehrere Dutzend Seminarräume übergeben, die sogar noch bis heute ausreichen. In den Kliniken standen 1373 Betten zur Versorgung der Patienten zur Verfügung. Die Erweiterung des Gebäudebestandes schuf die Voraussetzungen dafür, die Ausbildung der Zahnärzte mit 25 Studenten im Studienjahr 1973/74 anlaufen zu lassen. Die seit dem Jahr 1967 über 16 Betten verfügende Zahnklinik wurde durch einen 1975 errichteten Neubau erweitert. In den fünf Jahrgängen liegt die Studentenzahl bei durchschnittlich 120. 1984 wurde der englischsprachige Studiengang eingerichtet. Die Ausbildung begann mit 36 Studenten aus mehreren Ländern, von denen 1990 20 Absolventen den Doktortitel erhielten (1990-2004: 453 Doktoren).

Im Jahre 1990 wurde die Fachhochschule für Gesundheitswesen eröffnet. Im ersten Jahr begannen 122 Studenten ihre Ausbildung in vier Fachrichtungen: Diätetik, Krankengymnastik, Fürsorge und Sozialarbeit (2004: 16 Fachrichtungen; 3200 Studenten). Im Jahre 2006 hat sich die Fachhochschule der Universität Pécs angeschlossen und setzt Ihre Tätigkeit als Fakultät der Gesundheitswesen der Universität Pécs fort.

Im Interesse eines schnelleren Anschlusses an Europa wurde am 17. August 1991 die Gründung einer Stiftung „Für die Medizinische Wissenschaft in Pécs” von der Leitung der Universität vorgenommen. Der Ehrenpräsident ist Dr. Otto von Habsburg.

Heute besteht unsere Universität aus 11 Fakultäten. Rektor: Prof. Dr. László Lénárd, Mitglied der Ungarischen Akademie der Wissenschaften. Dekan der medizinischen Fakultät ist Prof. Dr. Balázs Sümegi.

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